المواضيع / سلسلة استخلاص المتغيرات

سلسلة Variants Calling من الصفر

تعلم كيف تكتشف وتحلّل الطفرات الجينية (SNPs وIndels) بدءاً من بيانات التسلسل الخام وصولاً إلى تقرير علمي قابل للنشر.

0فيديو في هذا المسار
ابدأ التعلم الآن
سلسلة استخلاص المتغيرات

المتطلبات المسبقة

  • أساسيات سطر الأوامر (Linux)
  • فهم مبادئ NGS
  • مفيد: معرفة بايثون أو R

ما ستتعلمه في هذا المسار

نقاط رئيسية ستكتسبها بعد إتمام هذا المسار

مراحل تحليل NGS Pipeline
محاذاة القراءات مع BWA وBowtie2
معالجة ملفات BAM مع Samtools
استدعاء الطفرات مع GATK وFreeBayes
تصفية الـ Variants وفلترتها
تفسير الطفرات ببيانات ClinVar وdbSNP

محتوى المسار 3 فيديو

شاهد الفيديوهات بالترتيب للحصول على أفضل تجربة تعليمية

01
نظري

قواعد بيانات المتغيرات الجينية

تعريف قواعد بيانات المتغيرات الجينية مع عرض بعض الأمثلة

02

مقدمة لسلسلة استخلاص المتغيرات

مقدمة شاملة لفهم عملية Variants Calling وأهميتها

03

ما هي ملفات VCF و gVCF؟ وما الفرق بينهما؟

شرح تفصيلي لفهم صيغ ملفات الطفرات الجينية

هل أتممت هذا المسار؟

استكشف بقية مواضيع المنصة وواصل رحلتك في المعلوماتية الحيوية

المواضيع الأخرى